A Napoli vi erano sette ministeri (Interni, Esteri, Grazia e Giustizia, Affari ecclesiastici, Finanze, Guerra e Marina, Polizia). In Sicilia vi erano altrettanti ministri responsabili più un luogotenente generale. In periferia, l'amministrazione era composta da una gerarchia di funzionari, nominati dal Re, che rispondevano al ministro dell'Interno: a capo delle Province vi erano gli intendenti, dei Distretti (frazioni territoriali delle province) i vice intendenti; a fianco dell'intendente c'era un consiglio provinciale responsabile della giustizia amministrativa.

I comuni erano amministrati da un consiglio, chiamato decurionato, i cui componenti (decurioni, tre per ogni 1000 abitanti o frazione di mille) erano nominati dall'intendente con l'approvazione del Re, sulla base di liste di "eleggibili" (compilate per censo o per capacità personali). Il consiglio proponeva ogni tre anni una terna di candidati tra i quali l'intendente, di concerto con il Re, sceglieva il sindaco. L'amministrazione comunale aveva alle sue dipendenze gli impiegati amministrativi, gli addetti ai pubblici servizi e il medico condotto.